FUNIBER organiza su actividad académica en áreas de conocimiento que agrupan programas desarrollados en colaboración con las universidades que integran su red internacional. La Fundación participa en el diseño y la coordinación de estas iniciativas formativas, mientras que la impartición académica y la emisión de los títulos corresponden a las universidades colaboradoras, conforme a la normativa vigente en cada país.
Las áreas académicas incluyen titulaciones universitarias y programas interuniversitarios que, en determinados casos, permiten el acceso a dobles titulaciones internacionales, en función de los acuerdos académicos establecidos.